Sông Trường Giang là nơi sinh sống của một số loài cực kỳ nguy cấp như cá sấu Trung Quốc, cá heo không vây, cá kiếm Trung Quốc, và Cá heo sông Dương Tử. Đây là nơi duy nhất ngoài Hoa Kỳ có loài cá sấu bản địa và paddlefish. Cá heo không vây theo ước tính năm 2010 chỉ còn 1000 cá thể, sự suy giảm này do việc sử dụng tuyến sông phục vụ thương mại cùng với du lịch và ô nhiễm môi trường.